En 2008, moins de 80 pigeons à tête rouge subsistaient dans les îles Ogasawara, au Japon. Quelques années plus tard, après une campagne destinée à réduire fortement le nombre de chats féraux sur l'île de Chichijima, les observations de ces oiseaux ont explosé. Une récupération spectaculaire pour une population qui semblait pourtant condamnée.
Mais cette histoire ne repose pas uniquement sur la disparition d’un prédateur. Une étude génomique publiée en 2025 révèle un paradoxe étonnant : plus de 80 % du génome de ces pigeons présente des régions homozygotes, signe d’une longue histoire de consanguinité, alors même que certaines mutations fortement délétères sont moins fréquentes que chez leurs proches parents plus répandus. Une particularité qui pourrait avoir aidé la population à rebondir.
Un pigeon endémique poussé au bord de l’extinction
Le pigeon à tête rouge des Ogasawara, Columba janthina nitens, n’est pas une espèce indépendante au sens taxonomique actuel, mais une sous-espèce endémique du pigeon ramier du Japon. Il ne vit naturellement que dans l’archipel d’Ogasawara, un ensemble d’îles océaniques situé à environ 1 000 kilomètres au sud de Tokyo.
Son plumage est essentiellement sombre, avec des reflets métalliques et une coloration rouge brunâtre caractéristique au niveau de la tête. Il fréquente principalement les forêts matures, où il se nourrit notamment de fruits.
Cette répartition extrêmement limitée l’a rendu particulièrement sensible aux transformations de son environnement.
L’installation humaine dans l’archipel à partir du XIXe siècle s’est accompagnée de défrichements et de l’arrivée d’espèces étrangères à l’écosystème. Parmi elles figuraient les chats féraux, capables de capturer ces pigeons.
Le ministère japonais de l’Environnement considère aujourd’hui encore Columba janthina nitens comme une sous-espèce en danger critique d’extinction, catégorie CR de sa liste rouge nationale.
En 2008, les effectifs avaient chuté à moins de 80 individus. Pour une population confinée sur une île et quelques territoires voisins, le seuil devenait particulièrement préoccupant.
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Le contrôle des chats change brutalement la trajectoire de la population
Face au risque d’extinction, une campagne intensive de capture des chats féraux a débuté en 2010 sur Chichijima.
Entre 2010 et 2013, 131 chats ont été capturés. Leur population sur l’île a alors été réduite à moins de 20 individus.
La réponse des pigeons a été spectaculaire.
Sur la même période, le nombre d’adultes observés est passé de 111 à 966, tandis que les juvéniles recensés sont passés de 9 à 189. En additionnant ces comptages, les observations sont donc passées de 120 à 1 155 oiseaux, soit une multiplication proche de dix.
Cette nuance est importante : il s’agit de nombres d’individus observés lors des suivis, et non nécessairement d’un recensement exhaustif de toute la population.
La rapidité du rebond reste néanmoins remarquable. Elle confirme à quel point la prédation exercée par des animaux introduits peut affecter des oiseaux ayant évolué pendant des milliers d’années dans un environnement insulaire dépourvu de certains prédateurs.
Dans ce type de situation, retirer ou contrôler une menace extérieure peut parfois produire des résultats impressionnants en seulement quelques saisons de reproduction.
Mais les scientifiques se sont alors heurtés à une autre question : pourquoi une population devenue aussi petite n’était-elle pas davantage handicapée par la consanguinité ?
Une histoire génétique beaucoup plus ancienne que la crise récente
Lorsqu’une population s’effondre, les individus ont davantage de chances de se reproduire avec des parents proches. Cela augmente l’homozygotie, c’est-à-dire la probabilité de posséder deux copies identiques d’un même variant génétique.
Le problème apparaît lorsque des mutations délétères récessives se retrouvent en double exemplaire. Elles peuvent alors affecter la survie, la reproduction ou la santé de l’animal : c’est l’une des causes de la dépression de consanguinité.
Pour comprendre ce qui se passait chez le pigeon des Ogasawara, Daichi Tsujimoto et ses collègues de l’université de Kyoto ont comparé les génomes de pigeons sauvages et élevés en captivité avec ceux de pigeons japonais appartenant à la sous-espèce beaucoup plus répandue Columba janthina janthina.
L’équipe a notamment étudié neuf pigeons à tête rouge sauvages, neuf individus captifs et onze pigeons japonais sauvages.
Le résultat est contre-intuitif : chez les pigeons sauvages des Ogasawara, plus de 80 % du génome se trouvait dans des régions d’homozygotie, témoignant d’une consanguinité ancienne et importante.
Pourtant, la proportion de mutations susceptibles d’avoir des conséquences particulièrement graves était plus faible que chez les pigeons japonais vivant dans des populations historiquement plus importantes.
La « purge génétique » pourrait expliquer une partie de cette résistance
L’explication proposée par les chercheurs ne tient pas à un changement apparu après le retrait des chats.
Elle remonte beaucoup plus loin.
Les données indiquent que cette population insulaire était déjà relativement petite plusieurs siècles avant son effondrement récent. La consanguinité aurait donc augmenté progressivement sur une très longue période.
Dans certaines conditions, ce processus peut exposer plus fréquemment les mutations récessives les plus dommageables à la sélection naturelle. Les individus qui les portent en double exemplaire ont moins de chances de se reproduire, ce qui peut progressivement réduire leur fréquence.
Ce phénomène est appelé purge génétique.
Il ne s’agit cependant pas d’un « nettoyage » parfait du génome. Certaines mutations délétères peuvent persister, voire devenir presque fixes dans une petite population.
L’étude suggère simplement que la lente consanguinité historique du pigeon des Ogasawara a pu éliminer une partie de sa charge génétique fortement délétère, avant même l’arrivée des pressions humaines modernes.
Cette histoire particulière aurait ensuite donné à la population une meilleure capacité à profiter rapidement de l’amélioration de son environnement lorsque les chats sont devenus moins nombreux.
Autrement dit, le contrôle des prédateurs a probablement déclenché le rebond démographique, tandis que l’histoire génétique ancienne de l’espèce a pu limiter certains des obstacles normalement associés à une population extrêmement réduite.
Cette récupération ne signifie pas que la consanguinité est sans danger
Ce serait la mauvaise conclusion à tirer de cette étude.
La consanguinité reste généralement une préoccupation majeure pour les petites populations. Et la purge génétique n’est ni garantie, ni complète, ni nécessairement suffisante pour sauver une population menacée.
Chez le pigeon des Ogasawara, certains variants délétères semblent d’ailleurs avoir atteint des fréquences très élevées. Les auteurs soulignent également plusieurs limites à leurs analyses.
Par exemple, ils n’ont pas pu mesurer correctement les effets de la consanguinité sur la reproduction. Leur analyse de la longévité en captivité n’a pas détecté de diminution statistiquement significative liée au coefficient de consanguinité, mais les conditions d’élevage peuvent masquer certains effets observables dans la nature.
L’histoire de cette population est donc particulière et ne constitue pas une recette universelle pour la conservation.
Les chercheurs citent d’ailleurs d’autres espèces insulaires ou fortement réduites chez lesquelles une purge de mutations délétères a également été observée, mais aussi des contre-exemples où une forte charge génétique continue de limiter le rétablissement.
Chaque population possède sa propre histoire démographique.
Une diversité génétique réduite reste un sérieux problème pour l’avenir
Le spectaculaire rebond numérique ne signifie pas que tous les dangers ont disparu.
Une population peut compter davantage d’individus tout en conservant une diversité génétique très faible. Elle dispose alors potentiellement de moins de variantes sur lesquelles la sélection naturelle pourrait agir face à une nouvelle maladie, à des modifications du climat ou à d’autres changements environnementaux.
L’université de Kyoto souligne précisément cette inquiétude : la perte sévère de diversité génétique pourrait limiter la capacité d’adaptation future du pigeon.
La suppression des menaces extérieures doit donc rester prioritaire. La population pourrait redevenir vulnérable si les chats féraux augmentaient à nouveau, si son habitat se dégradait ou si de nouvelles espèces invasives apparaissaient.
L’archipel d’Ogasawara possède une biodiversité exceptionnelle, forgée par son isolement géographique. Mais cette singularité constitue aussi une faiblesse : de nombreuses espèces locales ont évolué sans les pressions imposées par les animaux introduits par les humains.
Ce cas pourrait aider à mieux protéger d’autres populations menacées
Le principal enseignement de cette histoire dépasse finalement le seul pigeon japonais.
Pendant longtemps, les stratégies génétiques de conservation ont beaucoup insisté sur la nécessité de préserver ou d’augmenter la diversité. Cette priorité reste fondamentale, mais les progrès de la génomique permettent désormais d’aller plus loin.
Deux populations possédant le même niveau apparent de diversité génétique peuvent avoir des risques très différents selon leur histoire démographique et la nature des mutations qu’elles transportent.
Les génomes pourraient ainsi aider les biologistes à sélectionner plus judicieusement des individus pour les programmes de reproduction en captivité, les réintroductions ou les opérations de sauvetage génétique.
Le pigeon des Ogasawara n’a donc pas « défié les lois de la génétique ». Au contraire, son rétablissement montre à quel point celles-ci peuvent produire des résultats différents selon l’histoire d’une population.
Le contrôle de 131 chats féraux a retiré une menace immédiate. Mais le fait que les pigeons aient pu profiter aussi rapidement de ce répit pourrait s’expliquer en partie par des siècles d’évolution dans une population naturellement réduite.
Une association rare entre conservation de terrain et héritage génétique qui rappelle une chose essentielle : pour sauver une population, compter les individus ne suffit pas toujours. Il faut parfois aussi comprendre ce que leur génome raconte.
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